根据中共中央港澳工作办公室、国务院港澳事务办公室官网更新信息显示，该办主要职责和最新的组织机构架构已经公布。
主要职责
（一）贯彻执行“一国两制”、“港人治港”、“澳人治澳”、高度自治方针，坚持依法治港治澳，执行宪法和香港特别行政区基本法、 澳门特别行政区基本法，落实“爱国者治港”、“爱国者治澳”原则，维护国家主权、安全、发展利益，促进港澳长期繁荣稳定。
（二）加强港澳工作的统筹协调、督促落实，组织开展对重大问题的调查研究，提出政策建议。
（三）组织研究起草涉港澳有关法律法规草案并提出立法建议，就基本法等涉港澳重要法律实施涉及的相关法律问题研究提出意见。
（四）支持特别行政区行政长官和特别行政区政府依法施政，推动建立完善特别行政区同宪法、基本法实施相关的制度和机制。
（五）研究提出健全特别行政区行政长官对中央政府负责的制度、完善中央对特别行政区行政长官和主要官员的任免制度和机制的措施建议。
（六）协调有关部门研究拟订支持港澳发展经济、保障民生福祉等方面的政策建议并推动落实。
（七）组织落实特别行政区维护国家安全的法律制度和执行机制工作。
（八）协调涉港澳宣传工作，依法管理港澳新闻机构驻内地记者站和记者。
（九）协助特别行政区加强宪法和基本法以及国家安全法教育、国情教育、中国历史和中华文化教育，增强港澳社会的国家意识和爱国精神。
（十）负责内地与特别行政区政府和特别行政区行政长官的官方交往和工作联系，协调推动有关部门和地方加强与港澳交流合作，指导和管理内地与港澳因公往来有关事务。对中央驻港澳机构提出的有关事宜提供意见、建议和工作协助。
（十一）完成党中央交办的其他任务。
内设机构：
秘书局：负责机关文电、会议、机要、档案、信息化、安全保密、信访、财务等机关行政事务和日常运转工作。
一 局：承担落实中央港澳政策有关工作。
二 局：承担政治领域内地与特别行政区官方交往、因公往来、交流合作工作。
三 局：承担经济领域内地与特别行政区官方交往、因公往来、交流合作工作。
四 局：承担文化、教育、青年等领域内地与特别行政区官方交往、因公往来、交流合作工作。
五 局：承担医疗卫生、民族、宗教、劳工、社会服务等领域内地与特别行政区官方交往、因公往来、交流合作工作。
六 局：承担协调特别行政区开展维护国家安全有关工作。
七 局：承担协调涉港澳宣传工作，承担港澳新闻机构驻内地记者站和记者管理工作，承办新闻发布工作。
八 局：承担涉港澳有关法律法规草案起草和司法领域内地与特别行政区官方交往、因公往来、交流合作工作。
机关党委（干部局）：负责机关及直属单位党的建设和纪检、干部人事、外事工作，领导机关群团组织的工作，承担内地人员因公赴港澳政策拟订、人员审核和港澳通行证签发管理工作。
直属单位：港澳研究所、机关服务中心
信息来源：中共中央港澳工作办公室 国务院港澳事务办公室 官网